Trzy lata później opuścił wojsko, gdzie cierpiał widząc demoralizację żołnierzy i nie mogąc pogodzić się z bratobójczymi walkami (był to okres wojen między zwolennikami dwóch królów, wspominany do dziś w przysłowiu "Od Sasa do Lasa"). Wkrótce potem wstąpił do franciszkanów konwentualnych w Krakowie. 4 kwietnia 1715 r. został obłóczony i otrzymał imię zakonne Rafał. Śluby wieczyste złożył już 26 kwietnia następnego roku, a w czerwcu 1717 r. przyjął święcenia kapłańskie. Życie ascetyczne łączył z posługą misyjną. Przebywał w klasztorach w Radziejowie, Poznaniu, Warszawie, Kaliszu, Gnieźnie i Warce nad Pilicą. Najdłużej pracował w Łagiewnikach koło Łodzi i w Krakowie. Niektórzy biografowie uważają, że powodem tak częstych przenosin była okazywana biednym miłość, bo o. Rafał rozdawał na jałmużnę wszystko, co sam miał, a często i całe zapasy klasztornej spiżarni. We wszystkich miejscach, gdzie posługiwał, z zapałem głosił kazania i prowadził katechizację, dał się poznać jako doskonały spowiednik. Szerzył apostolstwo miłości i miłosierdzie wśród biednych, cierpiących, kalek - dla których był troskliwym i cierpliwym opiekunem. Ponad wszystko przedkładał miłość do Boga. Powtarzał często: "Miłujmy Pana, wychwalajmy Pana zawsze, nigdy Go nie obrażajmy". Dla wynagrodzenia Panu Bogu za grzechy świata wybrał drogę pokuty, licznych umartwień, wyrzeczeń i surowych postów (pod habitem nosił włosiennicę, a spał zawsze w nieogrzewanej celi). Z radością wychwalał Pana, wiele czasu poświęcał na modlitwę osobistą. Swoim życiem w zgodzie z Ewangelią wyrażał ogromną miłość do Boga. Był gorącym orędownikiem ufności w łaskawość Boga i wstawiennictwo Najświętszej Maryi Panny, którą czcił z ogromną pobożnością i synowskim oddaniem. Jego pobożność oraz miłosierdzie zjednały mu za życia opinię świętości.

Kiedy w 1736 roku wybuchła epidemia w Krakowie, niezwłocznie pospieszył z pomocą, opiekując się troskliwie chorymi i umierającymi. Nie dbając o swoje bezpieczeństwo, spędzał w lazarecie dnie i noce, wykonując wszelkie posługi przy chorych, pocieszając, spowiadając i przygotowując konających na śmierć. Po dwóch latach, gdy epidemia w Krakowie ustała, powrócił do Łagiewnik, gdzie opiekował się ubogimi, rozdając im jedzenie i ubranie. Pełną miłości i pokory opiekę nad chorymi przerwała choroba, zmuszając go do pozostania w celi zakonnej. Chorując przez trzy tygodnie, dawał przykład wielkiej cierpliwości, z jaką znosił wszelkie cierpienia. Współbracia uważali, że przepowiedział dzień swojej śmierci, prosząc w przededniu o udzielenie sakramentów.

Zmarł 2 grudnia 1741 r. w Łagiewnikach koło Łodzi. Tam znajdują się jego relikwie, do których pielgrzymki rozpoczęły się niemal od razu po pogrzebie. Kult o. Rafała, podtrzymywany cudami, które dokumentowali współbracia, przetrwał 250 lat. Proces beatyfikacyjny, przerwany przez rozbiory Polski, został wznowiony w naszych czasach.

Ojca Rafała beatyfikował 9 czerwca 1991 r. św. Jan Paweł II w Warszawie w czasie Mszy św. odprawianej w Parku Agrykola. Papież powiedział w homilii: "To, że przez tak długi czas nie zaginęła pamięć o jego świętości, jest świadectwem, że Bóg jakby specjalnie czekał na to, aby Jego sługa mógł zostać ogłoszony błogosławionym już w wolnej Polsce. Bardzo się nad tym zastanawiałem, czytając jego życiorys. Jego życie jest związane z okresem saskim, a wiemy, że były to smutne czasy (...), były to czasy jakiegoś zadufania w sobie, bezmyślności, konsumizmu rozpanoszonego wśród jednej warstwy. I otóż na tle tych czasów pojawia się człowiek, który pochodzi z tej samej warstwy. Wprawdzie nie z wielkiej magnaterii, ale ze skromnej szlachty, w każdym razie z tej, która miała wszystkie prawa społeczne i polityczne. I ten człowiek, czyniąc to, co czynił, wybierając powołanie, które wybiera, staje się - może nawet jest - protestem i ekspiacją. Bardziej niż protestem, ekspiacją za wszystko to, co niszczyło Polskę. (...) Jego życie ukryte, ukryte w Chrystusie, było protestem przeciwko tej samoniszczącej świadomości, postawie i postępowaniu społeczeństwa szlacheckiego w tamtych saskich czasach, które wiemy, jaki miały finał. A dlaczego dziś nam to Opatrzność przypomina? Dlaczego teraz dopiero dojrzał ten proces przez wszystkie znaki z ziemi i z nieba, że można ogłosić ojca Rafała błogosławionym? Odpowiedzcie sobie na to pytanie. Odpowiadajmy sobie na to pytanie. Kościół nie ma gotowych recept. Papież nie chce wam podpowiadać żadnej interpretacji, ale zastanówmy się wszyscy, ilu nas jest - 35 milionów Polaków - zastanówmy się wszyscy nad wymową tej beatyfikacji właśnie w Roku Pańskim 1991".