Przełożeni nie widzieli przed nim przyszłości zakonnej; sprawiał kłopoty wychowawcze, radzono mu odejście z zakonu. Karol jednak się uparł. Został wysłany na studia do Rzymu. Tam w 1937 r. przyjął święcenia kapłańskie. Kontynuował studia we Lwowie.

Po ukończeniu nauki podjął pracę jako wikariusz w Radomsku, a potem w Wilnie. Po wybuchu II wojny światowej, w pierwszej połowie 1940 r., abp Jałbrzykowski (ordynariusz wileński) wysłał o. Hermana do pomocy pełniącemu obowiązki proboszcza parafii św. Jerzego we wsi Pierszaje o. Achillesowi Puchale.

W 1941 r. rozpoczęła się wojna rosyjsko-niemiecka. Proboszcz okazywał cierpiącym współczucie i niósł pociechę. Nie stawiał warunków w kwestii ofiar składanych z racji udzielanych sakramentów.

Na plebanii w Pierszajach Niemcy zorganizowali posterunek żandarmerii. Dokonywali masowych aresztowań, poszukując partyzantów i kandydatów na roboty w Niemczech. O. Achilles zabiegał o uwolnienie uwięzionych: dzięki jego interwencji wielu zatrzymanych ocaliło życie. Ratował dzieci i dziewczęta, które miały być wywożone do niewolniczej pracy w III Rzeszy.

W czerwcu 1943 r. w Iwieńcu i okolicach partyzanci z Armii Krajowej przeprowadzili skoordynowaną akcję na konwoje niemieckie kierowane na front wschodni. Niemcy w lipcu i sierpniu 1943 r. przeprowadzili odwetową operację "Hermann", próbując ograniczyć działalność partyzantki na Kresach. Za cel wybrano mieszkańców wsi i małych miasteczek regionu. Zatrzymanych zamykano w stodołach, które następnie podpalano. W ten sposób Niemcy, w jednym powiecie wołożyńskim, spalili kilkanaście wiosek razem z mieszkańcami.
19 lipca 1943 r. niemieckie SS pojawiło się w Pierszajach. Na placu zebrano mieszkańców wsi (było ich ok. 200-300, w tym uciekinierzy z Iwieńca). Dwaj franciszkanie mogli się ukryć - miał ich do tego namawiać jeden z żandarmów niemieckich mieszkających na plebanii, praktykujący katolik; miał to także uczynić ich bezpośredni przełożony, gwardian z Iwieńca, o. Hilary Pracz-Praczyński.

Początkowo Niemcy zamierzali zamordować wszystkich na miejscu, w Pierszajach. Przywieźli ze sobą kanistry z benzyną. Rozdzielili kobiety i mężczyzn (w wieku od 10 do 50 lat), po czym zagnali ich do dwóch szop. Do mężczyzn wkrótce dobrowolnie dołączyli dwaj franciszkanie. Niektórzy świadkowie podawali, że franciszkanie próbowali negocjować z Niemcami. Po prawie dwóch godzinach nadjechało trzech oficerów i rozkazali wyprowadzić zatrzymanych. Niemcy dokonali ponownej selekcji i zagnali wszystkich, pod bagnetami, do wsi Borowikowszczyzna koło Nowogródka. Franciszkanów oddzielono od pozostałych osób i wieczorem tego dnia zamordowano w pobliskiej stodole, którą następnie podpalono. Według jednej z wersji przed podpaleniem gestapowcy zabili obu męczenników strzałem w głowę. Według innej franciszkanie mieli być najpierw okrutnie torturowani. Niemcy mieli im wyłupić oczy, wyrwać języki, obciąć nosy, uszy i ręce, na koniec krępując drutem.

Rozweseleni mordercy, przebrani we franciszkańskie habity, z drwiną naśladując czynności Mszy św. i szydząc z kapłanów, wrócili do wsi. Następnego dnia mieszkańcy wioski zebrali zwęglone szczątki męczenników i złożyli je we wspólnej trumnie w mogile przy kościele w Pierszajach (dziś Białoruś). Tam też, w specjalnej złoconej trumience, spoczywają w kościele parafialnym do dziś.

O. Herman Stępień i o. Achilles Puchała zostali beatyfikowani w grupie 108 męczenników II wojny światowej w dniu 13 czerwca 1999 r. w Warszawie przez papieża św. Jana Pawła II. Herman jest jedną z dwóch pierwszych osób (oprócz o. Fidelisa Chojnackiego), i jak do tej pory jedynych, urodzonych w Łodzi i wyniesionych na ołtarze. Jego relikwie, poza Pierszajami, znajdują się także m.in. w łódzkiej parafii pw. Matki Bożej Anielskiej, prowadzonej przez franciszkanów.