Naśladowanie
Zdaniem tych, którzy interpretowali życie Świętego Franciszka, jest w nim dokładne odzwierciedlenie życia Chrystusa. To właśnie idealne naśladowanie Zbawiciela, a nie co innego czyni z Biedaczyny z Asyżu jednego z największych świętych. Tak jak dopełnienie dzieła zbawczego Jezusa miało swoje miejsce na Krzyżu, tak właśnie w stygmatach znajduje swoje apogeum życie tego, który tego Jezusa pragnął naśladować. Zdaniem biografa Tomasza z Celano „nic nie mówi o nim [Franciszku] prawdziwiej, jak opowieść o stygmatach krzyża".

Okoliczności
Dokonało się to na górze Alwernii, na którą udał się w sierpniu 1224 r, na dwa lata przed śmiercią. Odprawiał tam czterdziestodniowy post ku czci świętego Michała Archanioła, a podczas modlitwy rozważał mękę Jezusa Chrystusa. Święty przygotowując się do tej modlitwy otworzył trzykrotnie Mszał, a teksty na które natrafił opisywały mękę Chrystusa. Upewniło go to w przekonaniu, że jego powołaniem jest cierpieć razem z Ukrzyżowanym.

Serafin
Opis stygmatyzacji znajduje się w "Traktacie o cudach św. Franciszka" brata Tomasza z Celano.  Franciszek "ujrzał w widzeniu rozciągniętego nad sobą Serafina, wiszącego na krzyżu, mającego sześć skrzydeł, za ręce i nogi przybitego do krzyża. Dwa skrzydła unosiły się mu nad głową, dwa wyciągały do lotu, a. dwa okrywały całe ciało. Widząc to, Franciszek zdumiał się gwałtownie, a gdy nie umiał wytłumaczyć, co by znaczyło to widzenie, wtargnęła mu w serce radość pomieszana z żałością. Cieszył się z łaskawego wejrzenia, jakim Serafin patrzył na niego, ale przybicie do krzyża przeraziło go. Natężył umysł, by pojąć, co mogłaby znaczyć ta wróżba, i duch jego silił się trwożnie nad jakimś jej zrozumieniem. Otóż, podczas gdy szukając wyjaśnienia na zewnątrz, poza sobą, nie znalazł rozwiązania, nagle objawiło mu je w nim samym odczucie bólu". Święty Bonawentura uzupełnia ten opis szybkiego zstępowania serafina lecącego w kierunku Franciszka. Skrzydła wizyjnej postaci były błyszczące, jakby z ognia, a anioł rozmawiał z Franciszkiem w sposób tajny poufny.

Cierpienie
Tomasz z Celano opisuje dalej:  "Natychmiast bowiem na jego rękach i nogach zaczęły jawić się znaki gwoździ, jak to na krótko przedtem widział u Męża ukrzyżowanego, ponad sobą w powietrzu. Jego ręce i nogi wyglądały przebite gwoździami w samym środku; główki gwoździ były widoczne na wewnętrznej stronie rąk i na wierzchniej stronie nóg, a ich ostre końce były na stronie odwrotnej... Zaś prawy bok, jakby przebity lancą, miał na sobie czerwoną bliznę, która często broczyła i spryskiwała tunikę oraz spodnie świętą krwią" Ten sam autor także daje nam opis stygmatyzowanych rąk i nóg: "Patrzyli na błogosławione ciało zdobne stygmatami Chrystusa, mianowicie nie na przebicia gwoźdźmi na rękach i nogach, ale na same gwoździe mocą boską cudownie utworzone z jego ciała, owszem wrośnięte w samoż ciało. Gdy się je nacisnęło z jednej strony, to natychmiast wychodziły po stronie przeciwnej jako tkanka ciągła" św. Bonawentura dodaje jeszcze dwa szczegóły: "Samo zaś zagięcie gwoździ pod stopami była tak sterczące i tak na zewnątrz wystające, że nie tylko nie pozwalało swobodnie stawiać stopy, ale nawet w otwór, gdzie było zagięcie można było włożyć palec ręki"

Tajemnica
Tyle wiemy z opisów współbraci świętego, który jednak we własnych pismach nie przekazał nam własnego opisu. Może dla tego, że sprawa stygmatów była dla niego bardzo intymna, mówiła o jego osobistej relacji z Panem Bogiem. Rany te były oglądane podczas pośmiertnego hołdu jaki składali mu współbracia oraz okoliczna ludność, wśród których były bardzo poważne osoby. Fakt stygmatyzacji był wówczas wielką zagadką nawet dla samego Franciszka. Po nim będzie w historii Kościoła wielu stygmatyków i teologia tego zjawiska będzie powszechnie znana, wówczas jednak było to bardzo zaskakujące.