Ks. Popiełuszko został uprowadzony i zamordowany 19 października 1984 w pobliżu Górska pod Toruniem.

- Przez kilka lat prowadzono przeciwko niemu różne działania operacyjne - komentował wydarzenia sprzed ponad prawie 40 lat historyk, prof. Andrzej Paczkowski w audycji z cyklu "Dźwiękowy przewodnik po najnowszej historii Polski", nadanej w czerwcu 1997 roku. – Podrzucano mu do mieszkania ulotki, a nawet materiały wybuchowe, a później rewizja ujawniała ich znalezienie. Prowadzono kampanię oszczerstw, w czym celował Jerzy Urban, wywierano także naciski na Episkopat ażeby przeniesiono księdza z Warszawy na jakąś inna małą parafię albo najlepiej, by został wysłany na nauki do Watykanu.

Ksiądz Jerzy Popiełuszko nie był jedynym duchownym,  wokół którego władze komunistyczne tworzyły atmosferę grozy. O polityce prowadzonej przez ekipę gen. Wojciecha Jaruzelskiego po wprowadzeniu stanu wojennego mówił prof. Paczkowski. – Chodziło o wytępienie resztek Solidarności – słyszymy w komentarzu – i usunięcie liderów. A za takiego uważano księdza Jerzego Popiełuszkę.

Duchowny co miesiąc, po wprowadzeniu stanu wojennego odprawiał w kościele pw. Św. Stanisława Kostki na Żoliborzu mszę za Ojczyznę. Gromadziły się na niej tysiące ludzi. Ksiądz Popiełuszko miał odwagę mówić prawdę o człowieku i systemie, który go zniewalał.

- Módlmy się, byśmy byli wolni od lęku zastraszenia, ale przede wszystkim od rządzy odwetu i przemocy – mówił na kilka godzin przed śmiercią, podczas rozważań różańcowych w Bydgoszczy. Fragmenty modlitwy zachowały się w archiwach Polskiego Radia. Ten ostatni raz przed zamordowaniem, kapelan Solidarności modlił się o wolność, sprawiedliwość, prawdę, męstwo, nieuleganie przemocy i nienawiści.

Po nabożeństwach odprawionych 19 października 1984 w parafii Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy, ksiądz Jerzy Popiełuszko wracał do Warszawy. Samochód prowadzony przez Waldemara Chrostowskiego, który był kierowcą duchownego, został zatrzymany przez funkcjonariuszy bezpieki, ubranych w mundury drogówki. Esbecy uprowadzili zarówno księdza, jak i Waldemara Chrostowskiego. Kierowcy udało się uciec, ksiądz Jerzy został zamordowany.

- Jestem przekonany, że męczeńska śmierć księdza Jerzego może przyczynić się do większego dobra – powiedział na wieść o tragicznej śmierci duchownego ówczesny prymas Polski kard. Józef Glemp - a to dlatego, że odsłoniły się kłamstwa, odsłoniło się zło. Doszło do publicznego ukazania tego, co jest złem.

27 października 1984, osiem dni po zabójstwie, ówczesny minister spraw wewnętrznych, gen. Czesław Kiszczak wystąpił w Telewizji Polskiej z ogłoszeniem:

- Z największą przykrością muszę stwierdzić, że sprawcami zabójstwa księdza Popiełuszki są trzej młodzi funkcjonariusze resortu spraw wewnętrznych: kpt. Grzegorz Piotrowski, por. Waldemar Chmielewski oraz por. Leszek Pękala.

Gen. Kiszczak zapewnił, że zostaną podjęte działania, by sprawdzić, kto był inspiratorem zbrodni i czy ktoś sprawców zabójstwa nie osłaniał.

Proces przeciwko zabójcom księdza Jerzego toczył się w Toruniu. Poza trzema funkcjonariuszami SB, na ławie oskarżonych zasiadł także płk Adam Pietruszka, z-ca dyr. Departamentu IV MSW. Skazano go na 25 lat pozbawienia wolności. Więzienie opuścił w 1995 roku. Nikt więcej nie poniósł konsekwencji za śmierć duchownego.

Ciało księdza Jerzego Popiełuszki odnaleziono 31 października 1984, a 3 listopada odbył się pogrzeb kapelana Solidarności.

Pogrzeb księdza Jerzego Popiełuszki w Warszawie zgromadził wielotysięczne tłumy i przekształcił się w wielką manifestację. Wszędzie były widoczne transparenty zdelegalizowanej wówczas "Solidarności". Duchowny został pochowany przy kościele św. Stanisława Kostki, gdzie był wikarym. Miejsce to jest do dziś celem licznych pielgrzymek.

Wkrótce po śmierci ksiądz Jerzy Popiełuszko został powszechnie uznany za męczennika okresu komunizmu. W 1997 roku, za pontyfikatu Jana Pawła II, rozpoczął się jego proces beatyfikacyjny. Papież Polak wielokrotnie wspominał księdza Popiełuszkę w czasie audiencji generalnych w Watykanie oraz podczas pielgrzymek do ojczyzny. Mówił o nim we Włocławku w 1991 roku, upominając się o miejsce księdza Jerzego w kulturze europejskiej.

Ksiądz Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany 6 czerwca 2010. Na ołtarze wyniósł go Benedykt XVI.

"Podstawowym warunkiem człowieka w zdobywaniu prawdy, a tym samym w likwidowaniu zła, którym jest kłamstwo, będzie zdobycie cnoty męstwa" - powiedział błogosławiony. Posłuchaj, jakie przesłanie chciał przekazać wiernym.